Le 1er juin 1867, le Grand-Orgue de la cathédrale est réceptionné et sera inauguré le 8 juin suivant.

Cet instrument est le fruit du travail de Joseph Merklin qui a reconstruit un instrument en lieu et place d'un orgue de John Abbey, tout en ayant conservé le buffet.

Le 1er juillet 1869 un nouveau buffet, l'actuel, de Merklin est réceptionné.

Entre 1890 et 1948 l'instrument est entretenu par Louis Debierre et ses successeurs. Après un relevage en 1953 par Patissou, ancien ouvrier de Debierre, l'instrument est irrégulièrement entretenu par Pierre Vinel et Joliet entre 1970 et 1985.

La partie instrumentale a été classée Monument Historique en 1983.

Une restauration a lieu entre 1991 et 1995 par Bernard Raupp.

En 2004 Jean-Pascal Villard effectue une réfection d l'alimentation en air et reprend l'harmonisation.